Στα νοτιοανατολικά παράλια της Θράκης, ανάµεσα στον Ίσµαρο και τον Έβρο, Έλληνες άποικοι από τη Σαµοθράκη κτίζουν στα τέλη του 7ου αι. π.Χ. µια σειρά από οχυρωµένες εγκαταστάσεις, που ο Ηρόδοτος ονοµάζει Σαµοθρηίκεα τείχεα». Οι εγκαταστάσεις αυτές, που αποτελούσαν την Περαία της Σαµοθράκης, εκµεταλλεύθηκαν στο έπακρο τη δυνατότητα που προσέφερε η περιοχή αυτή για έλεγχο των περασµάτων από ανατολή προς δύση και πρόσβαση στην ενδοχώρα και προσέφεραν αστικές υπηρεσίες και εισαγόµενα καταναλωτικά αγαθά, στο γρήγορα αναπτυσσόμενο θρακικό βασίλειο των Οδρυσών. Ήταν µια καίρια επιλογή, η οποία για αρκετούς αιώνες απέφερε πλούτο και δύναµη, και συνέβαλε στον εξελληνισµό των Θρακών της περιοχής. Οι αρχαίες πηγές αναφέρουν τη Μεσηµβρία, τη Δρυ, τη Ζώνη, τη Σάλη και αργότερα, στα ρωµαϊκά χρόνια, την Τέµπυρα και το Χαράκωµα. Από όλες αυτές µόνο µια έχει εντοπιστεί και ανασκάπτεται συστηµατικά. Η ανασκαφική έρευνα ανέτρεψε την παλαιότερη άποψη, ότι στη θέση αυτή βρισκόταν η Μεσηµβρία και απέδειξε ότι είναι η Ζώνη, η σηµαντικότερη µεταξύ των πόλεων αυτών.
Η πόλη περιβάλλεται από τείχος ενισχυµένο κατά διαστήµατα µε πύργους που περικλείει στα βόρεια ένα ύψωµα, την ακρόπολη του οικισµού. Μέσα στα όρια του τείχους αποκαλύφθηκε ήδη ένα µεγάλο µέρος του πολεοδοµικού ιστού µε στενούς κατά κανόνα δρόµους που ορίζουν οικοδοµικά τετράγωνα. Διακρίνονται σύνολα κατοικιών και υπάρχουν ενδείξεις για το εµπορικό κέντρο της πόλης. Έχουν επίσης βρεθεί δύο δηµόσια κτίρια, ένα µικρό ιερό της Δήµητρας και ένας ναός του Απόλλωνα, που θεωρείται από τα σηµαντικότερα ευρήµατα των τελευταίων χρόνων. Η ταύτιση του Ιερού τεκµηριώνεται από την αναγραφή του ονόµατος του θεού σε έναν ασυνήθιστα µεγάλο αριθµό - περίπου 300 - θραυσµάτων ενεπίγραφης κεραµικής από το εσωτερικό του, αλλά και τον περιβάλλοντα χώρο του. Τα ενεπίγραφα αυτά όστρακα έχουν όµως ιδιαίτερη σηµασία, γιατί µαζί µε τέσσερις λίθινες επιγραφές - η µια εκ των οποίων είναι δίγλωσση - µας έδωσαν τα πρώτα ερµηνεύσιµα στοιχεία για την γλώσσα των Θρακών στην περιοχή αυτή. Χαραγµένες µε ελληνικούς χαρακτήρες, αλλά ακατανόητες στην αρχή, αποδείχθηκε ότι αποτελούν τη µεγαλύτερη συγκέντρωση θρακικών επιγραφών που έχει βρεθεί µέχρι σήµερα και µας επέτρεψαν για πρώτη φορά να προσεγγίσουµε µια διαπιστωµένη πλέον τοπική θρακική διάλεκτο, η οποία µάλιστα εµφανίζει εξαιρετική συγγένεια µε την ελληνική γλώσσα. Στη µικρή κοιλάδα στα δυτικά της πόλης αποκαλύφθηκε το νεκροταφείο του οικισµού, που έδωσε εξαιρετικά πλούσια ευρήµατα (αγγεία, ειδώλια, χρυσά κοσµήµατα κτλ.) , τα οποία φανερώνουν τον πλούτο, την ακµή και το υψηλό πολιτιστικό επίπεδο των κατοίκων της Ζώνης. Η πόλη έφτασε στο απόγειο της ακµής της τον 5° και τον 4° αι. π.Χ. Στα ελληνιστικά χρόνια, στο νοτιοδυτικό τµήµα της πόλης, ένα µικρό µέρος του οικισµού αποµονώθηκε από την υπόλοιπη πόλη µε δικό του τείχος.
Η κατοίκηση εδώ συνεχίζεται µέχρι τον 2° π.Χ. αι. Αυτή η εξέλιξη συµπίπτει χρονικά µε την οριστική επικράτηση των Μακεδόνων βασιλέων που επεμβαίνοντας στην περιοχή µεταβάλλουν τους πολιτικοοικονοµικούς συσχετισμούς σ' όλο το χώρο της Θράκης. Η Ζώνη αρχίζει να παρακµάζει και σταδιακά ερηµώνει. Για τα επόµενα χρόνια, µετά την επικράτηση των Ρωµαίων και µέχρι τον 5° µ.Χ. αι. έχουµε ελάχιστα µόνο ίχνη που δηλώνουν περιστασιακή κατοίκηση, προσωρινού χαρακτήρα.
Ο ναός του Απόλλωνα
Είναι το σημαντικότερο δημόσιο κτήριο της αρχαίας Ζώνης. Χτίστηκε τον 6ο αι. π.Χ. Το όνομα του δημιουργού του παραμένει άγνωστο. Είναι ένα ορθογώνιο κτίσμα σε απόσταση 20μ. από το ανατολικό σκέλος του τείχους τοποθετημένο παράλληλα προς αυτό. Έχει προσανατολισμό από ΒΑ προς ΝΔ και είναι θεμελιωμένο πάνω στο φυσικό βράχο. Οι μακρές πλευρές του προεκτείνονται έξω από το νότιο τοίχο και καταλήγουν σε θεμελίωση τριβαθμιδωτού κρηπιδώματος που καταλαμβάνει όλο το μήκος της νότιας πλευράς. Το οικοδόμημα έχει όλα τα χαρακτηριστικά ναού πρόστυλου ή εν παραστάσι, προς το παρόν όμως ο τύπος του δε μπορεί να οριστικοποιηθεί καθώς σώζεται εν μέρει η θεμελίωση και καθόλου η ανωδομή των παραστάδων. Επίσης, δε μπορεί να δηλωθεί με βεβαιότητα ο αρχιτεκτονικός του τύπος καθώς ο ναός σώζεται στο ύψος των θεμελίων του και τα αρχιτεκτονικά μέλη που βρέθηκαν είναι ακόμη υπό μελέτη. Ανεξάρτητα απ' αυτό, ένας ασυνήθιστα μεγάλος αριθμός ευρημάτων κάνει φανερή τη σημασία που είχε αυτό το οικοδόμημα, τόσο για την εποχή του, όσο και για την ανασκαφική έρευνα. Μέσα στο χώρο του ναού και γύρω απ' αυτόν έχουν βρεθεί, εκτός από τα θραύσματα αρχιτεκτονικών μελών, πήλινα ειδώλια, όστρακα αγγείων και μαρμάρινα γλυπτά σε διάφορες μορφές και μεγέθη. Ανάμεσα στα θραύσματα των αγγείων πάρα πολλά έφεραν εγχάρακτες επιγραφές, από τις οποίες φαίνεται ότι αποτελούσαν αφιερώματα στο θεό Απόλλωνα και πιθανόν και ότι ορισμένοι αναθέτες δεν μιλούσαν την ελληνική τη γλώσσα. Από τα ευρήματα ο ναός χρονολογείται, στους αρχαϊκούς χρόνους. Έτσι, πέρα από την αξία του ως ναού, έχει ιδιαίτερα μεγάλη σημασία γιατί αποτελεί, μέχρι σήμερα τουλάχιστον, το μοναδικό ταυτισμένο αρχαϊκό ναό του Απόλλωνα σε όλο το χώρο της Θράκης. Παράλληλα δηλώνει ότι ήδη από τον 6ο αι. π.Χ. η Ζώνη λειτουργούσε σαν οργανωμένη πόλη. Το γεγονός αυτό ενισχύεται και από ένα μαρμάρινο κορμό κούρου που βρέθηκε κοντά στο ναό και χρονολογείται τον 6ο αι. π.Χ., ο οποίος αποτελεί έναν από τους ελάχιστους κούρους που έχουν βρεθεί σε όλη τη βόρεια Ελλάδα. Δυστυχώς, δεν υπάρχει καμία αρχαία ή μεταγενέστερη μαρτυρία για την ύπαρξη και λειτουργία του ναού καθώς οι πηγές είναι ιδιαίτερα φειδωλές για την Περαία της Σαμοθράκης και τις αποικίες της.
Το Ιερό της Δήμητρας
Το ιερό της Δήμητρας είναι μια μικρή κατασκευή σε επαφή με το ανατολικό σκέλος του τείχους, κοντά στο νότιο άκρο του. Ο ιερός χαρακτήρας του χώρου έγινε φανερός από ένα θησαυρό χρυσών, επίχρυσων, επάργυρων και χάλκινων αναθημάτων, ενώ χαρακτηρίστηκε ως ιερό Δήμητρας από ενεπίγραφο βάθρο που βρέθηκε εκεί και χρονολογείται στον 4ο αι. π.Χ. 
